Честь основания эволюционной эмбриологии, базирующейся на принципах учения о клеточном строении организмов, принадлежит А. О. Ковалевскому и И. И. Мечникову. Оба замечательных ученых своими многочисленными сравнительными наблюдениями над развитием большого числа животных создали фактическую основу современной эмбриологии. До них хорошо изучено было лишь развитие некоторых позвоночных и членистоногих. Почти ничего не было известно о развитии кишечнополостных, моллюсков и иглокожих. В представлениях ученых беспозвоночные и позвоночные животные представляли обособленные группы и сильным было влияние идей Кювье и Бэра о не связанных между собой типах животного мира. Ковалевский обратил особое внимание на «переходные», «уклоняющиеся» формы. Среди его замечательных открытий особенно важным явилось установление родства асцидий с позвоночными животными, в то время как их обычно относили к моллюскам или моллюсковидным. Большое значение для уничтожения «пропасти» между типами имело и его исследование по развитию ланцетника. Ковалевский и Мечников, отправляясь от дарвиновского учения, создавали именно сравнительную эмбриологию, сопоставляя образование полости тела, пищеварительного канала, нервной и сосудистой системы у разных животных.
Значение творчества А. О. Ковалевского для развития науки очень хорошо охарактеризовано словами его ученика, эмбриолога К. Н. Давыдова: «А. О. Ковалевский по праву должен считаться фактическим основателем современной эмбриологии. Он первый констатировал у беспозвоночных зародышевые листки и доказал существование единства плана в развитии всех животных. Современная теория зародышевых пластов — этот основной принцип сравнительной эмбриологии — в значительной степени обязана своим развитием именно Ковалевскому. Ковалевский, наконец, первый ясно понял и оценил значение эмбриологии для уяснения эволюции и своими трудами более чем кто-либо другой способствовал окончательному торжеству эволюционной идеи. Работы его над развитием ланцетника и асцидий останутся вечным памятником мощности человеческой мысли ...