Выбор варианта ВЭЖХ, который дает наиболее быструю в точную информацию об интересующем образце, является важным моментом работы. Как правило, хроматографист имеет данные о компонентах образца, такие как их химическое строение, молекулярная масса, растворимость, концентрацияи др. Полнота этих данных в большей мере определяет, насколько удачно будет выбран вариант ВЭЖХ. Иногда есть
информация только об одном интересующем компоненте образца (например, лекарственном препарате, который нужно определить в плазме крови), иногда она вообще отсутствует (например, при изучении неизвестных образцов химикатов, пестицидов, стабилизаторов и др.).
Вопросы, на которые хроматографисту нужно знать ответы до выбора варианта ВЭЖХ, сводятся к следующим. Что будет интересовать — анализ следовых количеств или микропримесей, аналитическое разделение компонентов примерно равной концентрации, препаративное выделение разделенных компонентов для исследований или идентификации? Какова молекулярная масса образца или диапазон молекулярных масс компонентов? Какая полярность компонентов образца, их кислотность или, основность, способность диссоциировать на ионы? В каких растворителях растворимы компоненты образца и какова их растворимость? Нужно разделить близкие по молекулярной массе изомеры или ряд гомологов? Является ли вещество новым или используется давно? Есть ли опубликованные работы по ВЭЖХ этой смеси или близких по составу и свойствам смесей? Каковы характеристики образца по показателю преломления, УФ-спектру, флуоресценции и др.?
Не следует пренебрегать любой информацией об образце или его компонентах; особое значение имеет устойчивость образца к действию света, тепла, кислорода воздуха, влаги— как в виде раствора в элюенте, так и без растворителя. Иногда особые условия хранения (в темноте, на холоду, в атмосфере инертного газа) позволяют достаточно долго хранить нестабильные соединения. Чем менее стабильны исследуемые соединения, тем меньше времени должно проходить от момента приготовления образца в виде раствора до ввода его в хроматограф. Нередко удается путем введения в раствор образца стабилизаторов, регулирования рН, продувки инертным газом повысить устойчивость нестабильных соединений при хранении и получить точные и воспроизводимые результаты анализа.